para empezar estan usando memoria dinamica al pedo, la gracia de usar memoria dinamica es pedir una cantidad de memoria que no se conoce hasta tiempo de ejecucion, por lo tanto deberian usar memoria estatica (porque ya saben de antemano cuanta memoria van a utilizar) char linea[1000]; y char linealeida[1000];

otra recomendacion es que no dejen numeros magicos en el programa si van a poner 1000 hagan un define

#define MAX_LINE 1000